Viti i saktë i ndërtimit nuk dihet, pasi që nuk ekziston mbishkrimi i parë i saj, mbishkrimi ekzistues daton nga viti 1808 kur është kryer meremetimi i xhamisë nga ana e Abdullah agës, por sipas të gjitha gjasave kjo xhami është ndërtuar gjatë shek. XVIII-të.

Mehmet Tahir efendiu në Kronikën e tij ka shkruar shumë pak për këtë xhami, duke cekur se:” Atë e quanin Çuhaxhi Mahmud në qytetin tonë, ka ndërtuar poashtu një xhami në pjesën kryesore të qytetit. Është shkatërruar më se njëherë, Allahu ia lehtësoftë, edhe kjo është rinovuar nga bujaria e qytetarëve tanë”[1].

Kush ka qenë Çuhaxhi Mahmudi nuk e dimë, pasi nuk kemi të dhëna të shkruara për momentin, thuhet se ai ka nis ndërtimin e xhamisë, por ka krisur lufta diku, dhe ai i përgjigjet thirrjes në luftë, dhe në një fushëbetejë bie shehid (dëshmor). Xhamia ka mbet në gjysmë pa u ndërtuar për plot 40 vite, dhe pas kalimit të kësaj kohe, besimtarët e kanë përfunduar  ndërtimin e saj,  dhe ia kanë dhënë emrin e tij në shenjë nderimi dhe respekti që ka rënë shehid (dëshmor)[2].

Kjo xhami gjatë ekzistimit të saj disa herë është renovuar, mbishkrimi i sotshëm i ruajtur i xhamisë daton nga viti hixhri 1223 apo gregorian 1808, në të cilin shkruan se atë e ka renovuar Abdullah aga me kontributin e tij[3]. Në Prizren kjo xhami njihet apo quhet nga populli xhamia e Margëllëqit, për të cilin orientalisti dhe studiuesi i njohur shqiptar Hasan Kaleshi ka shkruar se këtë xhami prizrenasit e kanë quajtur me këtë emër pasi aty si imam ka shërbyer Sylejman efendiu që ishte me prejardhje nga Margëllëqi i Çamërisë, dhe pasi që ka ndërruar jetë është varrosur në oborr  të xhamisë dhe aty në nishanin e tij shkruan se ka ndërruar jetë në vitin 1795, që na jep fakt apo provë të shkruar se kjo xhami ka ekzistuar gjatë shek. XVIII-të[4].

Gjatë viteve nëntëdhjeta të shek. XX, pasi që xhamia ishte në gjendje të mjerueshme dhe një kohë të gjatë në periudhën e  sistemit monist nuk ka qenë aktive, është rrënuar tërësisht dhe në vend të saj është rindërtuar xhamia e re e cila ka përfunduar pas luftës së Kosovës të vitit 1999, dhe se tani është një xhami e vogël por mjaftë funksionale me një oborr të rregulluar dhe të mirëmbajtur, këtu në ndërtimin dhe rregullimin e saj kanë kontribuar xhemati i mahallës së Margëllëqit.