Këtë xhami e ka ndërtuar Mustafa Pasha në vitin 1608, por tani ajo nuk ekziston, pasi që është rrënuar në vitin 1952, dhe  aty gjendet  ndërtesa e komunës së Prizrenit në ditët e sotshme.

Mehmet Tahir efendiu në Kronikën e tij për xhaminë e Mustafa Pashës ka shkruar: ”Në më të lartin vend e ka ndërtuar xhaminë Mustafa pasha ku më pare ishte një faltore e të krishterëve. Viti i ndërtimit të xhamisë është  “Bejti Huda”, hixhri 1017, Gregorian 1608-9”[i].

Për ndërtuesin e kësaj xhamie, Mustafa Pashën, nuk kemi njohuri të shumta se kush ishte dhe nga ishte, por nga një ndodhi që e përshkruan në Kronikën e tij Mehmet Tahir efendiu mund të konkludojmë se ka qenë shqiptar dhe se një kohë me siguri ka qenë edhe në pozitën e sanxhakbeut.

Mehmet Tahir efendiu përshkruan ndodhin që ka ndodh në mes Mustafa Pashës dhe Jemishqi Hasan Pashës( i cili ishte me prejardhje shqiptare nga Rogova e Hasit, dhe në fshatin e tij ka ndërtuar xhaminë ndërsa në qytetin e Prizrenit e ka sjell ujin). Gjersa ishte në pozitë Mustafa Pasha, e lut Hasan Pashën, gjersa ishte ushtar, t’ia shes kalin e tij. Por ai nuk deshti me ja shit Mustafa Pashës, për atë që e refuzoi ai ja rrëmben kalin dhe e dënon Hasan Pashën me pesëxhind kamxhik dënim . Por pas një kohe të kaluar Hasan Pasha përparon lart në hierarkin e Perandorisë Osmane sa që mbërrin në postin e sadriazemit (kryeministrit) të Perandorisë Osmane.Në qendrën e atëhershme të Rumelisë, që ishte Sofia e tanishme në Bullgari, i fton të gjithë valit (guvernatorët) të sanxhaqeve të Rumelisë në Sofje. Edhe Mustafa Pasha shkoi në Sofje në vizitë Hasan Pashës.Kur e takoi Hasan Pasha Mustafa Pashën, i tha atij, a nuk të mjaftoi që ma more kalin, por edhe më dënove me kamxhikë duke më rrahur në këmbë, me ç’rast më sakatove dhe më gjymtove. Edhe i urdhëron përcjellësit e tij që ta dënojnë Mustafa Pashën në atë mënyrë duke e rrahur me ç’rast edhe nga torturat vdes. Nga këtu mund të shohim se kjo ishte një hakmarrje tipike ndërshqiptare gjatë kohës në të cilin kanë jetuat dhe vepruar të dy pashallarët shqiptar në fund të shek. XVI, sipas Kronikës së Tahir efendiut[ii].

Xhamia e Mustafa Pashës ishte aktive gjer në vitin 1949, në të cilin si imam i fundit i saj shërbeu Qazim hoxha një intelektuar dhe zejtar i njohur prizrenas.Pastaj xhaminë pushteti I atëhershëm lokal komunist  e shëndrrojnë në depo drithërash.Në vitin 1950 nga një stuhi e fortë rrënohet gjysma e  minares së xhamisë së Mustafa pashës. Për shkak të ngarkesave të tepruara muret e xhamisë nisin të çahen, andaj rreth vitit 1960 Drejtoria e Tregut  aty ndërton tregu i gjelbërt, në vitin 1979/80 ndërtohet godina e bankës”Bankos” të Kosovës, ndërsa gjatë kohës së pushtetit të dhunshëm serb viteve nëntëdhjeta të shek.XX ishte vendosur Prefektura e Qarkut të Prizrenit, pas luftës së vitit 1999 ishte e vendosur selia e UNMIK-ut për rajonin e Prizrenit, e tani aty gjendet Kuvendi Komunal i Prizrenit[iii].

Me të vërtetë ishte një vendim anakronik i kohës për të rrënuar një xhami 400 vjeqare e cila ishte e vendosur në një hapësirë strategjike të Prizrenit, në një trekëndësh me një oborr të madh në të cilin gjendeshin varret e shumta, përball Beledijes së vjetër.