Është xhamia qendrore dhe kryesore  e Prizrenit, ndërtimi i saj ka filluar në vitin 1571 dhe ka përfunduar në vitin 1574 nga Gazi Mehmed Pasha, një ushtarak i famshëm osman i cili ka marrë pjesë në shumë beteja, dhe ka lanë shumë vakëfe(donacione ). Mehmet bej Dukagjinzade(më vonë merr titullin pashë  dhe njihet si  Gazi Mehmet Pasha), i cili ishte edhe në pozitën e  sanxhakbeut të  Shkodrës, në vitin 1571 ka lënë një shumë të madhe parash me të cilin do të ndërtojë kompleksin fetaro-arsimor  në qendër të qytetit të Prizrenit në mahallën e Bajraklisë. Kompleksi i tij përbëhet prej xhamisë, mejtebit, ders-hanes, medresesë, hamamit, bibliotekës dhe tyrbes. Të gjitha këto objekte edhe sot e kësaj dite janë të ruajtura, por tani janë me destinacione tjera, përveç xhamisë së Gazi Mehmet Pashës e cila në popull njihet edhe si xhamia e Bajraklisë.

Për ndërtimin e kompleksit Gazi Mehmet Pasha ka lënë vakëf (donacion) shumën prej 340.000 akçash të destinuara për ndërtimin e medresesë dhe xhamisë.  Gazi Mehmet Pasha ishte me prejardhje shqiptare,  ka qenë djali i Ahmet bej Dukagjinit, i cili gjatë vitit 1514-1515 ishte në pozitën e Vezirit të Madh të oborrit të Perandorisë Osmane. Ahmet bej Dukagjini  ishte nip i familjes së njohur mesjetare shqiptare feudale, të Dukagjinëve, posedues tokash të mëdha[i].

 Tyrben Mehmet Pasha e ngriti në oborr të xhamisë së Bajraklisë me dëshirë që aty edhe të varrosej, por ajo ka mbetur bosh, pasi që ai ka ra dëshmor në fushëbetejë në Hungari në vitin 1596 dhe  atje është varrosur. Në tyrben e ndërtuar tani është vendosur biblioteka me dorëshkrime të vjetra orientale, në të cilin gjenden rreth 200 kitabe( libra) nga koha e Perandorisë Osmane në gjuhën arabe, perse dhe osmane (turke). Aty gjendet edhe një raritet i rrallë me vlerë jashtëzakonisht të madhe, dorëshkrimi i vjetër i Kur’anit nga viti 1312[ii].

Medreseja e Gazi Mehmet Pashës ka qenë medreseja më e vjetër, jo vetëm në Prizren, por edhe në Kosovë, e cila ka punuar  gjer në vitin 1947 kur e ka mbyll me dhunë  dhe e ka ndërprerë procesin edukativo arsimor pushteti i atëhershëm komunist i ish Jugosllavisë.

Në popull është e njohur me emrin xhamia e Bajraklisë, pasi që prej ditëve të para të punës së saj, është ngritur flamuri në maje të minares për nderë të ditëve festive  dhe festave të Bajramit, traditë e cila vazhdon edhe në ditët e sotshme.

Mbi derën hyrëse të xhamisë qëndron mbishkrimi në gjuhën osmane, ku përveç tjerash shkruan: “se kjo xhami është ngritur në vitin 981 hixhri, nga ana e Gazi Mehmed Pashës i cili nuk e ka ngritur këtë xhami për shyhret(bukuri), por për emër të Allahut, të shërbejë qytetit të Prizrenit”[iii].

Në vitin  1993-1994 nën udhëheqjen e imamit të xhamisë së Bajraklisë Reshat ef. Mexhiti dhe në koordinim të plotë të Bashkësisë Islame në Prizren si dhe ndihmës së pakursyer të xhematit të Prizrenit është kryer  restaurimi i tërësishëm i  xhamisë së Bajraklisë dhe mund të themi lirisht se sot kompleksi i xhamisë së Gazi Mehmet Pashës në kuadër të cilit hynë  medreseja(tani muzeu i Lidhjes së Prizrenit), ders-hanja(tani shtëpia e Lidhjes së Prizrenit), biblioteka, mejtepi(tani ndërtesa e Këshillit të Bashkësisë Islame të Prizrenit), paraqet me të vërtet “per exellens” të një shembulli të xhamisë më të rregulluar dhe më të mirëmbajtur jo vetëm në Prizren por edhe në Kosovë dhe mund të krahasohet si i tillë vetëm me kompleksin e xhamisë së Gazi Husrevbeut në Sarajevë të Bosnjës. Kur jemi tek kompleksi i xhamisë nuk mund e të mos përmend edhe 8 çeshmet (krojet), të cilët gjenden në oborr të xhamisë, dhe nga të cilët  rrjedh uji pandërprerë natë e ditë,  gjer para luftës së Kosovës, ka pas ujësjellës të posaçëm që nga periudha e ndërtimit të xhamisë , i cili për fat të keq viteve nëntëdhjeta të shek. XX-të është kyçur në kompleksin e ujësjellësit të qytetit, e cila gjatë periudhës së kaluar historike kur ka qëlluar ndonjë avari apo prishje të ujësjellësit të qytetit, i tërë qyteti është furnizuar me ujë prej xhamisë së Bajraklisë gjer në evitimin e prishjes së ujësjellësit të qytetit.

Përveç tjerash xhamia e Bajraklisë e ka edhe rëndësinë historike  për popullin shqiptar në përgjithësi, ashtu që qyteti i Prizrenit me kompleksin e Lidhjes së Prizrenit  ka një  rëndësi të jashtëzakonshme, pasi që aty janë vu themelet e para të krijimit  të shtetit shqiptar i cili u kurorëzua në vitin 1912 me shpalljen e shtetit të pavarur të Shqipërisë, pas largimit të Perandorisë Osmane nga Ballkani.

Me rastin e shënimit të përvjetorit të Lidhjes së Prizrenit, saktësisht me datën 12 qershor 2007 në organizim të Bashkësisë Islame të Kosovës dhe myftiut të saj Naim ef.Tërnava është vendosur pllaka përkujtimore në xhaminë e Bajraklisë me këtë mbishkrim : ” Në këtë xhami është mbajtur Kuvendi i Lidhjes së Prizrenit, 10 qershor 1878”.